Sejarah Cilimus terungkap kembali saat Nusantara dalam cengkraman penjajahan Belanda, tepatnya saat Belanda kembali menjajah menggantikan Inggris yang hengkang dari bumi pertiwi pada tahun 1817 masehi.Namun pada masa penjajahan Belanda ini, wilayah Pakuwon Cilimus masuk dalam wilayah Kabupatian Linggajati yang berdampingan dengan Kabupaten Kuningan yang sama-sama masuk dalam wilayah kedaulatan Kesultanan Kasepuhan Cirebon.

Hal ini didapat pada laporan Residen Cirebon yang bernama P.H. Van Der Kemp yang tertuang pada Beslit No. 13 tanggal 30 Januari 1818 yang melaporkan bahwa, telah memerintahkan Bupati Linggajati untuk membantu Opsiner Kehutanan Banyaran yang bernama Prudants dan Bupati Bengawan Wetan yakni Raden Adipati Nitidiningrat yang kewalahan dalam melawan para pemberontak yang tengah mundur ke Palimanan. (P.H. Van Der Kemp. 1979: 16).

Situasi saat itu memang tengah gencar-gencarnya pemberontakan yang terkenal dengan istilah Perang Kedondong di antara wilayah Cirebon, Karawang, Majalengka hingga Kabupaten Talaga yang dipimpin oleh Ki Bagus Rangin dan Ki Bagus Serit atau pada masa Sultan Sepuh VIII yakni Sultan Raja Udaka (1815-1845) sebagai kelanjutan dari Pemberontakan Pangeran Suryanegara tahun 1753-1773 (Iswara. 2009: 28).

Sejarah Cilimus lebih merunut pada para tokoh pemerintahannya yakni para kuwu yang pernah memerintah Pakuwon/ Desa Cilimus. Jadi urutan kuwu dari pra-Indonesia merdeka, pasca-Indonesia Merdeka, masa Orde lama, masa Orde Baru hingga saat sekarang ini (Orde Reformasi) bisa dirunut beserta masa jabatannya sebagai berikut:

1. Ki Buyut Sacawana/ P. Adiredja Martakusumah (1847 s/d 1880)
2. Bapak Rumsewi (1880 s/d 1887)
3. Bapak Abdul Ghafar (Tubagus Hadji Abdul Gappar) (1887 s/d 1922)
4. Bapak Karnadisastra (1922 s/d 1928)
5. Bapak Wangsaatmaja (1928 s/d 1947)
6. Bapak E.Suarja (1947 s/d 1950)
7. Bapak Jaya Sentana (1950 s/d 1956)
8. Bapak Muhammad Hasyim (1956 s/d 1969)
9. Bapak A. Pathoni Saleh (1969 s/d 1979)
10. Bapak Ending Rosyidin (1980 s/d 1981)
11. Bapak Toto (Pejabat Kuwu)
12. Bapak Masuri (1990 s/d 1998)
13. Bapak Masuri 2 (1999 s/d 2001)
14. Bapak Apip (2002 s/d 2007)
15. Bapak Nasihin Arjadisastra (2007 s/d 2013)
16. Bapak H. Mulyadin ( 2013 s/d 2019 )
17. Bapak H. Mulyadin ( 2019 s/d sekarang )

Pada rahun 1920 pada masa Pemerintahan Bpk. H. Abdul Gofar gedung Pemerintah Desa yang berdampingan dengan Rencana Pembangunan Jangka Menengah Desa Cilimus BAB II - 25 Mesjid dan bersebrangan dengan Kantor Kewedanaan dan Kantor kecamatan yang berlokasi di sebelah alun- alun , dipindahkan kurang lebih 400 M kearah utara tepatnya berada di Jl. raya Cilimus,dan mulai tanggal 01 januari 2012 lokasi Kantor Pemerintah Desa Cilimus dikembalikan lagi ke Posisi semula yaitu dikawasan Alun –alun Desa Cilimus dan berdampingan dengan Mesjid Agung Cilimus sebagai lambang pemersatu Ulama & Umaroh sehingga segala Cita - cita Desa bisa terwujud kembali yaitu : Pemerintahan Keagamaan dan Pendidikan.